Die neun Kriterien der PHINEO-Analyse sind die Basis für die Einschätzung der Leistungsfähigkeit von gemeinnützigen Organisationen und des Wirkungspotenzials ihrer Projekte. Auf jeder Analysestufe werden in den neun Kriterien Punkte auf einer von Skala von 0 bis 100 vergeben. 0 Punkte sind dabei definiert als das Maß, welches die Mindestanforderungen an das jeweilige Kriterium definiert. 100 Punkte beschreiben das Maximalmaß, d.h. eine idealtypische Ausprägung. Um eine Einordnung der Leistungsfähigkeit der Organisation (in den so genannten O-Kriterien) und des Wirkungspotenzials des Projekts (in den so genannten W-Kriterien) zu erleichtern, wurde ein mittlerer Wert von 50 Punkten als Zwischenschritt ebenfalls definiert.

Die PHINEO-Analyse wurde entwickelt, um ein umfassendes Bild insbesondere des Wirkungspotenzials des Projekts zu erhalten. Daher gehen die Wirkungskriterien grundsätzlich mit einer höheren Gewichtung in die Analyseergebnisse ein, welche relevant für die Erreichung der nächstfolgenden Stufe sind. Das bedeutet, dass z.B. Organisationen mit hohen Ausprägungen in den Wirkungskriterien auch dann die nächste Stufe erreichen können, wenn sie in den Organisationskriterien nur geringere Werte erreicht haben. Das Mindestmaß muss allerdings auch hier immer erreicht werden. Bei den Wirkungskriterien dagegen gilt, dass in der Regel mindestens der Mittelwert von 50 Punkten erreicht werden muss, um die nächste Analysestufe zu erreichen bzw. letztendlich durch PHINEO porträtiert zu werden.

Hinter diesem Verfahren steht die Erfahrung, dass Soziale Investoren insbesondere an den Wirkungen gemeinnütziger Projekte interessiert sind. Um wirkungsvolle Projekte zu fördern, würden sie auch die Organisation bei der Verbesserung der Organisationskriterien unterstützen. Es könnte also für einen Sozialen Investor interessant sein, einer Organisation mit einem Entwicklungsbedarf im Bereich Finanzen, aber mit wirkungsvollen Projekten zu einem besseren Controlling-System zu verhelfen. Um Sozialen Investoren die Wahl zwischen "sicheren" (W- und O-Kriterien mit hohen Werten) und "chancenreichen" Investitionen (hohe Werte bei den W-Kriterien, geringere Werte bei den O-Kriterien) zu ermöglichen, stellt PHINEO im Porträt die Analyseergebnisse der Organisation vor und macht somit Stärken und Entwicklungspotenziale transparent. Eine Organisation, die zwar hohe Werte in den O-Kriterien erreicht, aber bei den Wirkungskriterien zu geringe Werte erzielt, würde von PHINEO nicht porträtiert werden.

Bei einigen Kriterien der PHINEO-Analyse spielt die Angemessenheit der Aktivitäten oder Strukturen der Organisation eine entscheidende Rolle dafür, welche Punktwerte von den PHINEO-Analysten vergeben werden können. Man kann nicht Äpfel mit Birnen vergleichen, genauso wenig gelten z.B. für junge Neugründungen und etablierte Organisationen die gleichen Regeln. An eine etablierte Organisation werden etwa die Anforderungen an eine solide und satzungsmäßig verankerte Governance höher sein als an ein "Start-up". Und ein Projekt, das erst seit einem Jahr operativ läuft, hat weniger Möglichkeiten Ereichtes nachzuweisen als eine Organisation, deren Projekt schon über Jahrzehnte läuft. Daher wird in den PHINEO-Kriterien Wert darauf gelegt, den Besonderheiten der Organisation und des Projektes immer Rechnung zu tragen.