Im ersten Schritt füllen die gemeinnützigen Organisationen einen Online-Fragebogen aus. Darin werden zum einen Informationen rund um die Organisation abgefragt, wie zur Organisationsform und zur Gemeinnützigkeit. Zum anderen geben die Bewerber Auskunft zu dem konkreten Projekt und den konkreten Projektaktivitäten. Zu diesem Zweck wird nach den Zielen, Zielgruppen sowie den Handlungsansätzen und Ergebnissen des Projektes gefragt.

Die Fragebögen werden von mindestens zwei Analysten sorgfältig ausgewertet. Auswertungsbasis sind die neun Kriterien der PHINEO-Analyse: Bei allen Kriterien wird geprüft, wie die Organisation diese erfüllt. Je besser sie die Kriterien erfüllt, desto mehr Punkte kann sie erreichen. Kann die Organisation alle Fragen nachvollziehbar darstellen, arbeitet das Projekt im Themenfeld des Reports und werden die formalen Kriterien erfüllt (etwa die Bestätigung, dass die Organisation gemeinnützig ist), geht es in die nächste Runde.

Im zweiten Schritt der PHINEO-Analyse werden die Organisationen, die in die zweite Analysestufe gelangt sind, gebeten, Informationsmaterialien an PHINEO zu senden. Diese sollen den PHINEO-Analysten einen umfassenden Einblick in die Organisation und deren Aktivitäten ermöglichen. Dazu gehören beispielsweise Evaluationsberichte, inhaltliche Konzepte, Satzungen oder Jahresberichte. Die Wahl der Informationsmaterialien steht den Organisationen frei, sie können die Materialien übermitteln, die am besten transportieren, was die Organisation erreichen möchte und wie sie dabei vorgeht. Es gibt allerdings einige „Pflichtunterlagen“, dazu gehören z.B. der Freistellungsbescheid, die Satzung bzw. der Gesellschaftervertrag der Organisation sowie die an das Finanzamt übermittelte Rechnungslegung bzw. der Jahresabschluss nach HGB (Handelsgesetzbuch) des letzten vollständigen Tätigkeitsjahres. Neben den eingereichten Unterlagen schauen sich die PHINEO-Analysten zusätzlich die Website der Organisationen an und fragen telefonisch oder per E-Mail nach, wenn Fragen offen geblieben sind.

Im Rahmen dieser Analysestufe versuchen die Analysten, einen umfassenden Eindruck auf Basis der Informationsmaterialien zu gewinnen. Wie schon in der ersten Analysestufe werden in den Kriterien Punkte für den Grad der Kriterien-Erfüllung vergeben. Es gibt allerdings auch einige so genannte K.O.-Gründe. Kommt bei einer Organisation ein K.O.-Grund zum Tragen, scheidet sie aus dem Analyseverfahren aus. Ein K.O.-Grund ist z.B. die fehlende Bereitschaft, die Finanzen offen zu legen.

Im dritten Schritt besuchen die PHINEO-Analysten die Organisationen, die es von der zweiten in die dritte Analysestufe geschafft haben, vor Ort und machen sich persönlich ein Bild. Dabei werden die PHINEO-Analysten von einem Fachexperten aus dem Feld des jeweiligen Themenreports begleitet. Für die Organisationen bietet der Vor-Ort-Besuch die Möglichkeit, die Analysten auch persönlich zu überzeugen. Bei dem Besuch lernen die Analysten das Team der gemeinnützigen Organisation kennen. Da sich nicht alle Fragen durch die Analyse der Informationsmaterialien im zweiten Schritt vollständig beantworten lassen, werden diese in Gesprächen mit Vertretern der Organisationen besprochen. Nicht selten erschließen sich viele Informationen erst bei diesem Termin.

Auch die Informationen aus den Vor-Ort-Besuchen werden wieder mit Hilfe der Punktevergabe in den neun Kriterien der PHINEO-Analyse ausgewertet.

Wenn die Organisation die PHINEO-Analysten weiterhin überzeugt hat, schlägt das PHINEO-Analyseteam die jeweilige Organisation der Empfehlungskommission für die vierte und letzte Stufe des Verfahrens vor.

Nach der Zusammenführung und Auswertung aller Informationen der einzelnen Stufen werden diejenigen Organisationen und Projekte, die sich während der drei voran gegangenen Analysestufen als besonders wirkungsvoll gezeigt haben, einer Empfehlungskommission zur abschließenden Entscheidung vorgestellt. Die Empfehlungskommission entscheidet letztlich darüber, welche Projekte und Organisationen porträtiert und damit empfohlen werden. Die Empfehlungskommission besteht aus wissenschaftlichen Experten des jeweiligen Themenfeldes, Experten für den gemeinnützigen Sektor im Allgemeinn sowie aus Personen, die die Bedürfnisse von Sozialen Investoren genau kennen. Die Empfehlungskommission nimmt sich viel Zeit, bei jeder Organisation und jedem Projekt die Ausprägungen bei den Kriterien noch einmal im Detail zu diskutieren. Die Empfehlungskommission ist damit auch ein Element der externen Kontrolle der Entscheidungen im Rahmen des PHINEO-Analyseverfahrens. Die Mitglieder der Empfehlungskommissionen werden in den jeweiligen Themenreports vorgestellt.